آیت الله محمد صدوقی در روز ۱۱ تیر ۱۳۶۱ مطابق با دهم ماه مبارک رمضان سال ۱۴۰۲ قمری، پس از ادای نماز جمعه در حالی که جایگاه را ترک می‌کرد، توسط یکی از عوامل منافقین به نام محمدرضا ابراهیم‌زاده – اهل نائین - که حامل دو قبضه نارنجک و ملبس به لباس ارتشی بوده به طرز فجیعی به شهادت می‌رسند و قاتل نیز در دم کشته می‌شود.
در این فاجعه تعدادی از پاسداران محافظ شهید صدوقی نیز مجروح می‌گردند و ۳ نفر از نمازگزاران زن نیز بر اثر ازدحام جمعیت پایمال شده و فوت می‌نمایند.
محمدرضا ابراهیم‌زاده و از اعضای سازمان مجاهدین خلق جوانی ۲۲ ساله با لباس بسیجیان با حضور در مسجد ملااسماعیل یزد، زاهدانه رفت و آمد می‌کرد. این برخورد او باعث میشد کسی به او بدبین و از فکر شومی که در سر داشت آگاه نشود.
گروهک تروریستی منافقین با بازسازی صحنه ترور و بررسی نحوه عملیات انتحاری توسط یکی از اعضای این سازمان به نام «محمدرضا ابراهیم‌زاده» در تلویزیون خود، از این عملیات تروریستی به عنوان یک عملیات فدایی یاد می‌کند! و عملاً مشی تروریستی خود را کاملاً به تصویر می‌کشد.
منافقین در شماره ۴۵ نشریه اتحادیه دانشجویان مسلمان خارج از کشور(صفحه ۲) با انتشار اطلاعیه‌ای به ترور آیت الله صدوقی اعتراف کرده و به این عمل ننگین و تروریستی خود افتخار می‌کنند.
با شهادت آیت الله محمد صدوقی وی چهارمین شهید محراب نام گرفت. پیش از ایشان شهید آیت الله طباطبایی و شهید آیت الله مدنی و شهید دستغیب توسط منافقین به شهادت رسیده بودند.
شهید صدوقی سال‌ها در کنار امام خمینی(ره) و دیگر یاران انقلاب به مبارزه علیه رژیم شاهنشاهی پرداخته بود. از آنجا که زاده شهر یزد بود، رهبری نهضت انقلاب اسلامی را در این خطه برعهده داشت و در جهت آگاه کردن اذهان مردم و روشنگری آنان قدم های بیشماری را برداشت. کارنامه درخشان آیت الله صدوقی در مبارزات و جریان سازی مردم باعث شد تا نوک پیکان حمله منافقین وی را نشانه رود. شهید صدوقی از جمله چهره های تاثیرگذار نه تنها در میان مردم شهر یزد بلکه در کل کشور بود.